市农业农村局设下列内设机构：
（一）市委农办综合科（发展规划科）。负责处理市委农办日常事务；承担综合报告、新闻宣传、重要文稿和指导“三农”工作重要文件的起草工作；组织开展以乡村振兴为重心的“三农”重大问题和政策调查研究，提出工作建议；承担市委农村工作领导小组重要会议活动的协调保障和组织服务工作；研究起草以乡村振兴为重心的“三农”工作发展战略、中长期发展规划，提出实施的政策建议；承担推动农业绿色发展有关工作；承担推进构建多元化食物供给体系有关工作；组织农业资源区划工作，指导现代农业园区建设；承担协调督促检查有关方面落实市委农村工作领导小组工作部署和要求等工作；牵头推进乡村振兴战略实绩考核；组织开展巩固拓展脱贫致富奔小康成果、推进乡村振兴有关重大部署和政策落实情况的监督检查。
（二）办公室。负责机关日常运转，承担文电、机要、档案、保密、信访、政务公开、建议提案办理等工作；督促检查有关重要工作部署和领导批办交办事项的落实情况；负责重要会议的组织协调；组织指导全市农民体育运动。
（三）人事科。承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训等工作；按照干部管理权限，承担局系统招录（聘）、流动、选拔任用、交流轮岗、职称管理、岗位管理等工作；负责局管干部人事档案管理工作；指导全市农业农村人才队伍建设。
（四）法规科（行政服务科、执法监督科）。承担有关文件合法性审查工作，组织行政应诉、普法宣传等工作；组织开展农业农村领域行政审批事项的规范化管理；协调落实行政审批制度改革及权责清单管理工作；负责种子、肥料、农药、兽药、饲料、农机、渔业等有关行政审批事务；指导农业农村法治建设；承担指导执法人员队伍规范化建设，组织开展业务能力提升和文明规范执法培训，负责本行业、本系统行政执法的监督管理工作等职责。
（五）计划财务科（审计科）。提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议；提出农业投资规模、方向的建议并监督实施；编报部门预算并组织执行；研究提出财政衔接推进乡村振兴相关资金分配建议方案并指导、监督资金使用；参与农村金融、农业保险的政策制定；组织提出农业生产救灾资金安排建议；协助做好农业补贴相关工作；指导监督局系统财务、国有资产和政府采购管理工作；负责原农村合作基金联合会资产管理工作；负责内部审计工作，组织开展系统财政支农项目资金审计监督，指导全市农业系统内部审计工作。
（六）乡村产业发展科。组织协调乡村产业发展，推动延长农产品产业链，加强农业农村重大项目建设；牵头“三黑三白”等特色产业发展；起草促进乡村特色产业、农产品加工业、休闲农业发展的政策措施；研究提出促进农民增收的政策建议，协调推进农民增收有关工作；提出农业产业化经营发展的政策建议，推动农村一二三产业融合发展；指导和监测农业产业化重点龙头企业发展；承担指导开展农村创业工作。
（七）种植业管理科（园艺科）。起草种植业发展政策、规划，做优做强稻米、黑塌菜等产业，推进绿色蔬菜基地建设；承担指导粮食和园艺（果蔬、花木盆景、蚕桑等）生产、种植业结构和布局调整及标准化生产工作，推进粮油作物大面积单产提升，建设粮油高产优质片区，发布农情信息；承担发展节水农业、设施农业、抗灾救灾、植物检疫等有关工作；牵头农作物事故调查处理；承担肥料有关监督管理以及农药生产、经营和质量监督管理工作，指导农药科学合理使用；组织农作物重大病虫害防治有关工作。
（八）市场与信息化科（对外交流合作科）。起草农业农村经济信息体系建设规划；提出大宗农产品市场体系建设建议；承担农业品牌建设有关工作；组织开展农产品和农业生产资料供求、价格分析和监测预警；指导农产品营销促销工作；发布农业农村经济信息，指导农业信息服务；承担农业统计、农业农村信息化和数字乡村发展有关工作；承担农业对外合作交流工作，参与农业对外贸易和援助有关工作；按管理权限承担农业利用外资项目的有关工作；承担涉及台湾地区及香港、澳门特别行政区有关农业事务；负责局系统涉外事务的组织、审核、报批。
（九）科技教育科（种业管理科）。管理农业科技成果，指导农业科研、技术引进、成果转化和技术推广工作，推动产业技术体系、农技推广体系建设；监督管理农业转基因生物安全；指导农用地、农业生物物种资源及农产品产地环境保护和管理；牵头指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设；承担外来物种管理相关工作；指导农业教育；牵头高素质农民等“新农人”培育工作；起草农作物和畜禽种业发展政策、规划；负责拟订种业振兴政策并组织实施；组织实施农作物种质资源、畜禽遗传资源保护和管理；监督管理农作物种子、种苗；组织抗灾救灾和救灾备荒种子的储备、调拨；承担农业植物新品种保护工作。
（十）政策与改革科（农村合作经济指导科）。提出农业农村改革发展相关政策建议；提出巩固完善农村基本经营制度的政策建议；承担农民承包地改革和管理、农村集体产权制度改革工作，指导培育农村经营管理人才，指导发展壮大新型农村集体经济、农村集体资产和财务管理、“乡村合伙人”培育；负责农村产权交易市场的指导、协调和服务工作；指导农村土地承包经营纠纷调解和仲裁工作；承担全面深化农村改革和农村改革试验区建设管理工作；推进农业社会化服务体系建设；指导农民合作经济组织建设；指导发展农村新型农业经营主体和多种形式适度规模经营；承担农村宅基地改革和管理有关工作，指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标准、违法用地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用；负责农经统计有关工作；负责指导农村集体经济组织成员身份确认。
（十一）乡村建设促进科（农村社会事业促进科）。协调推进乡村建设行动，宜居宜业和美乡村和片区建设；推动农村基础设施、公共设施建设和运行管护；负责牵头组织改善农村人居环境，组织开展农村厕所革命；统筹指导村庄整治、村容村貌提升；健全农民参与乡村建设机制；参与推进乡村治理体系建设，承担统筹协调推动农村社会事业发展、公共服务体系建设工作；监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理；推动农村文化发展和移风易俗，指导农村精神文明和优秀农耕文化建设。
（十二）帮促指导科（区域发展促进科）。牵头研究起草帮促政策措施和产业规划，指导帮促项目实施，做好帮扶资产后续管理工作；承担乡村帮扶特色产业发展有关工作；协调推动低收入人口就业，指导开展有关技能培训；配合推进经济薄弱地区义务教育、基本医疗、住房安全和饮水安全保障工作；承担农村低收入人口常态化帮促有关工作；指导农业区域协调发展；负责“五方挂钩”落实工作，配合协调省委驻县（市、区）乡村振兴（帮促）工作队选派管理，参与协调驻村第一书记选派管理；推动革命老区帮促和乡村发展；动员社会力量参与巩固拓展脱贫致富奔小康成果和推进乡村振兴；承担经济薄弱地区常态化帮促有关工作。
（十三）农田建设管理科。提出农田建设项目需求建议；承担高标准农田建设管理、建后管护督查、绩效评价等有关工作；提出农田建设监督评价指标，拟订农田建设技术标准和规范；承担农业综合开发项目、农田整治项目、农田水利建设项目管理工作。
（十四）耕地质量科。承担耕地质量管理相关工作；拟订全市滩涂农业围垦开发项目的中长期规划和年度计划，对农业围垦开发项目实施行业管理；承担指导新增耕地质量鉴定工作；参与开展永久基本农田保护；牵头划定农业产品禁止生产区域。
（十五）畜牧兽医科（重大动物疫病防控办公室）。起草畜牧业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业发展政策和规划；指导畜牧业结构调整；推动黑猪产业化发展；指导畜禽粪污资源化利用；监督管理饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全；监督管理兽医医政、兽药及兽医器械；组织实施动物防疫检疫；组织开展重大动物疫情应急响应，指导重大动物疫病应急处置工作；负责畜禽屠宰行业管理和行业统计。
（十六）渔业渔政科（退捕禁捕科）。起草渔业发展政策、规划，推进黑鱼、金鱼等水产养殖产业发展；保护和合理开发利用渔业资源，指导水产健康养殖和水产品加工流通，组织水生动植物病害防控；组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护；指导渔政渔港监督、渔业船舶管理等工作；组织实施涉外渔业协定，协助重大涉外渔业事件处置工作；负责渔业安全生产监督管理、防灾减灾工作；协调处理长江等水域的渔业安全搜救工作和渔业安全重大突发事件；牵头渔业事故调查处理；承担渔业船舶检验和监督管理职责；承担禁捕退捕相关政策制定、统筹协调、监督指导工作。
（十七）农机管理科（农机装备科）。起草全市农业机械化发展政策和规划并组织实施；组织实施农机作业规范和技术标准；组织实施农机购置补贴和农机具报废更新；组织农机安全监理；负责农机安全生产监督管理工作，指导农机作业安全生产；牵头农机事故调查处理；组织农业机械展示展览和业务交流；承担农业机械化技术、特色农机、智慧农机和装备发展工作；提出农机装备的技术规范和发展要求；组织种植业、养殖业和设施农业的机械化技术创新和推广应用；组织实施秸秆机械化还田作业补助政策。
（十八）农产品质量安全监管科。组织实施农产品质量安全监督管理有关工作；推进农产品质量安全监管体系、检验检测体系和信用体系建设；承担农产品质量安全标准、监测、追溯、风险评估等相关工作；承担农产品质量安全突发事件应急处置具体工作。
（十九）安全生产监管科。牵头拟定本部门、本行业落实安全生产责任制和相关法律法规的工作规划；牵头农业防灾减灾工作；负责本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展本部门、本行业安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作等。
直属机关党委。负责机关及所属单位党群工作（含意识形态）。
老干部科。负责离退休干部工作。