（一）办公室。负责机关日常运转，承担信息、保密、信访、档案、资产管理、政务公开等工作；组织开展交通运输行业有关政策研究；承担重要文件与重要会议文稿的起草工作；组织拟订交通运输政策和规范性文件；牵头组织指导交通运输行业信用管理；指导交通运输行业体制改革和队伍建设；负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制和劳动工资等工作；承担机关及所属事业单位并指导交通运输行业人才、职称、职业资格和技能鉴定工作；承办机关及所属单位出国（境）报批和政审工作；承担交通系统党组织设置和党员发展、教育、管理、监督等工作；负责机关和指导所属单位思想政治、新闻宣传、精神文明建设和教育培训等工作；牵头组织典型培树和品牌建设等工作；负责离退休干部工作。
（二）法规科（行政服务科）。承担规范性文件的合法性审查，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作；指导交通执法队伍建设，组织开展法制宣传教育；承担全市交通运输综合行政执法的协调管理工作；承担公路、航道、港口、海事、运输管理、建设管理、质量监督等交通运输行政许可工作，并限时办结；组织实施市级交通运输行政许可统一受理、统一审批、统一送达工作；负责指导推进全市交通运输“放管服”改革工作。
（三）财务审计科。指导交通运输行业财务、会计和审计工作；参与拟订交通运输发展的资金筹集政策；提出有关财政、价格等政策建议；负责组织编报部门预决算；承担交通运输资金的申请、拨付、监管及会计核算工作；组织机关及所属事业单位开展内部审计并完善内部控制机制；指导交通运输行业规费征管工作；指导所属企业拟订中长期发展战略、产业布局规划并监督实施；负责审查所属企业的融资方案，指导监督国有资产管理和保值增值；指导所属企业产权制度改革、资产重组以及关、停、并、转等工作；协调处理企业改革发展中重大问题；负责所属企业负责人薪酬制度管理、实施和监督；联系交通改制企业。
（四）工程建设管理科（市国防动员委员会交通战备办公室）。组织拟订全市综合交通运输体系规划和公路、航道、港口等发展规划；参与拟订铁路规划；组织拟订城市客运发展规划，参与城市客运有关设施的规划；组织拟订交通运输枢纽规划；指导相关专项规划编制；拟订交通运输行业发展战略、投资政策，参与拟订交通运输行业筹融资政策；组织拟订公路、航道、港口等建设的投资计划；负责交通运输行业统计分析和信息发布工作；承担交通运输利用外资和对外交流合作工作；组织拟订交通运输行业科技与信息化发展战略、规划和计划；组织实施交通运输行业重大科技项目攻关、创新技术引进开发和科技成果管理；指导协调交通运输行业信息化项目建设与管理；组织并指导交通运输行业标准计量、知识产权、技术交流、行业创新体系建设工作；指导并监督交通运输行业质量、技术工作；承担交通工程建设项目前期管理工作；组织编制有关交通工程建设项目的项目建议书、可行性研究报告，负责组织初步设计、项目概算文件的编制和报批等前期工作；组织做好专项评估工作；统筹推进市级交通重大项目，负责建设项目实施过程的组织、协调；组织有关交通工程建设项目交工验收，参与竣工验收；统筹交通项目区域协调工作；拟订交通工程建设质量发展目标和政策并组织实施；承担并指导交通建设市场监管，监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作；承担公路、水路建设、运营和维护的行业管理工作，负责交通建设工程实施阶段程序管理；组织和指导交通建设工程设计、施工、监理、定额造价、试验检测的监督管理；负责交通建设市场主体的资质资格管理；组织对优质工程进行质量指导；承担交通建设市场主体的信用管理；依法处理交通建设过程中利益关系人的投诉；负责全市国防交通战备动员工作。
（五）安全监督科（应急办公室）。组织拟订并监督实施公路、水路和港口安全生产政策和应急预案；负责公路、水路和港口安全生产综合监督；负责有关安全生产和应急处置体系建设，监督所属单位安全生产监管工作；负责港口设施保安履约管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况；承担公路、水路和港口突发公共事件应急管理工作。
（六）铁路科。负责编制全市铁路建设的中长期规划和年度计划并组织实施；贯彻执行国家和省市有关铁路建设的方针、政策、法规，结合我市实际制定配套措施；组织协调全市铁路建设项目的申报立项、勘测、设计等前期工作；配合项目建设单位组织征地搬迁，协调解决铁路建设的有关问题；负责根据地方经济社会发展需要，争取铁路客运班次停靠，以及货运站场开通与扩建等事项；负责对铁路及相关工程质量保障体系进行监督检查；负责火车站站前广场卫生环境、秩序管理；负责铁路护路联防工作，对全市铁路安全管理实施督查；承办市铁路办交办的其他事项。
（七）港口科。负责全市沿江及内河港口发展、改革、管理工作；拟订全市港口发展政策和管理制度，统筹推进现代化港口体系建设和港口资源利用研究；负责全市港口岸线、陆域、水域管理和经营市场秩序监管；负责指导航道、锚地、过驳区等公用基础设施管理工作；负责港口对外合作及港际交流。
（八）运输管理科（生态环保科）。负责全市道路、水路、城市客运发展和管理工作；负责客运枢纽的建设和管理；承担公共汽车、城市轨道交通运营、出租汽车、城际客运、客运站、水路客运等行业管理工作，指导综合运输体系建设；负责道路、水路、城市客运行业信用管理工作；负责拟订全市货物运输及交通物流业发展战略、规划、政策、标准并监督实施；负责交通物流市场管理工作；承担道路、水路货运、货运站、机动车维修、机动车驾驶员培训、营运车辆综合性能检测、汽车租赁、运输服务业等行业管理工作；负责交通运输从业人员资格管理工作；负责道路运输车辆技术管理工作；负责机动车维修质量纠纷调解工作；负责道路、水路货运、机动车维修、机动车驾驶员培训、营运车辆综合性能检测等行业信用管理工作；负责交通运输行业生态环保工作的政策制定、统筹协调和督促检查；指导和推进交通运输行业污染防治工作；指导并监督交通运输行业节能减排、新能源或清洁能源推广使用工作；依法组织或参与环境污染事件调查处理工作。
另按有关规定设立机关党组织。