一、办公室
负责处理机关行政事务和系统党建、组织、宣传、教育工作。负责政务信息收集整理、公开工作，负责机关网站的内容更新管理工作；负责文稿起草、审核、收发，组织起草重大综合性报告和总结材料；负责电话接转、上传下达，文件、报刊征订、收发，来人接待和总务、后勤服务管理；负责计算机信息保密管理工作；协同开展新闻宣传、舆论工作；协调办理人大代表、政协委员提案、人民来信来访和市长公开电话工作；承办系统内干部的考察、任免、调配、人事关系的接转；负责离退休干部、军转干部管理服务工作；负责劳动人事、政策性安置、人才录用、劳动工资、社会保障、文书、人事档案管理工作；组织开展思想政治工作、精神文明建设工作；组织承办机关、事业单位工作人员年度考核、评比、奖惩。建立和配备工、青、妇等群团组织，按照各自的章程和有关规定开展工作。
二、财务资产科
负责所属单位财务和资产管理工作。负责系统的财务指导、协调、服务、管理和监督；负责编制机关收支预算和政府下达费用的收缴；负责全系统会计、统计报表的汇总和财务、统计分析工作；负责全系统企业计划的下达、考核和财务负责人的管理；负责社员股金的清理、整顿和管理工作；负责社有资产管理办法的制定和保值增值的管理考核工作，建立台帐和报表制度，进行动态和静态的监督管理；负责社有资产的经营工作，承办资产评估、重组、转让的有关事项；加强与有关部门的联系，协调社有资产经营管理中的有关事务。
三、监察审计科
负责所属单位的纪检、监察、审计和来信来访工作。负责本系统党员干部党纪、政纪、法纪教育；按照法律、法规、政策做好系统内违法、违纪案件的查处工作；指导全系统学法、用法、守法，开展警示教育，加强行风建设；负责系统内部财务审计、企业负责人任期及离任审计、改制清盘审计和政府指定的专项审计；协调政法和政府相关部门关系，依法维护供销社合法权益。
四、市场指导科
负责全系统的为农服务工作，积极参与社会主义新农村建设。发挥主渠道作用，指导相关企业积极做好农药、化肥和种子的供应工作，协助净化农业投入品市场；负责构建农村现代连锁经营服务网络，负责农村电商的宣传、推广工作，对相关企业兴办为农综合服务社进行指导、协调和服务；负责指导农民合作经济组织和农副产品生产基地的建设，培育壮大龙头企业，扩大农副产品购销，参与推动农业产业化，提供有关信息服务；及时向政府反映农村情况，提出为农服务政策建议。
五、综合管理科（挂“集体商业管理办公室”牌子）
负责所属企业改革和开放办社的指导工作，提供政策协调服务；负责全系统烟花爆竹、再生资源等经营业务的政策研究和协调管理；负责系统内工业企业技改、新产品开发，指导企业抓好产品质量、计量设备、环保、节能等管理；负责系统内企业安全生产、保险、创建、考核评比、综合治理工作；负责全系统外经、外贸、招商引资的组织协调及项目立项核批上报工作；负责“千人联千企”、“新网工程”、统计等工作；负责系统内集体商业的指导、协调、监督和管理工作。