根据上述职责，市财政局设13个内设机构：
（一）办公室
负责全系统机构编制、人事管理工作；抓好全系统思想政治工作和干部队伍建设；组织财政系统考核表彰活动；开展系统内干部职工教育，指导财政干部培训；做好离退休干部服务、工、青、妇、计划生育等工作。
协调处理局机关日常政务；负责本局外事接待和对外往来的组织，负责有关重要会议的组织，起草有关重要报告和文件；负责财政信息和对外宣传工作；负责政务公开、文电、档案、信访、保密、安全等工作；负责局机关财务、物资、后勤等管理工作；负责苹果老虎机财政网建设及局域网维护、管理。
（二）预算科
研究财政预算分配政策；制定预算管理制度和镇（区、园）财政管理体制；拟定市级部门预算支出标准定额；负责编制年度财政预算草案和综合财政收支计划；确定预算编制范围内容，拟定基本支出定额标准，负责部门预算收支的综合平衡，确定收支总控制数。对单位进行预算编制布置与培训；落实增收节支措施，筹集资金，确保预算收支平衡；汇总全市年度收支预算；分析预算执行情况；负责非税收入管理；负责财政票据管理；统一办理各类预算追加事项。
贯彻国家、省、市制定的各项财税法律法规规章；组织开展财政科研和财税政策执行情况的调查研究；具体组织、指导、协调财政系统依法行政和财政方面的法制工作；审批和监督税务部门的各项代征代扣手续费，办理相关税收退库工作；组织预算执行情况的监督检查。
拟订财政资金绩效管理实施办法；研究建立财政资金绩效管理机制和预算绩效评价体系；拟订财政支出绩效评价指标体系和标准体系；负责财政专项资金预算绩效目标管理工作；负责组织实施市级财政支出绩效评价工作；组织和指导市级行政事业单位开展财政资金绩效管理工作。
（三）国库科
执行国家金库管理制度和政府总预算会计制度；负责本级国库和财政专户财政资金的核算、管理和调度；编制、汇总全市及市本级财政总决算，编制、汇总、上报全市及市级财政收支旬、月报；统一管理本级财政的银行开户；研究和推行国库集中支付制度；贯彻执行国家内债政策和管理制度；负责财政专项资金的核算、管理；组织协调财税库银横向联网工作；负责与财政审计有关的工作；负责做好财政资金清收管理工作；负责国库收支项目的绩效评价。
（四）政府采购管理科
研究制定本苹果老虎机采购的管理办法；制定本苹果老虎机集中采购目录、公开招标数额标准和分散采购限额标准；负责编制审核本级财政资金承担的年度政府采购预算；负责审核政府采购计划，并监督其实施；管理和监督政府采购活动；对政府采购工作进行指导和信息统计分析；组织政府采购人员的培训；负责政府采购市场的供应商资格审查工作；协助上级机关办理政府采购代理机构资质认定和管理工作，处理政府采购工作中发生的投诉；负责政府采购工作有关项目的绩效评价。
（五）行财科
研究提出教育、科学、文化、计划生育、体育、广播电视以及行政、政法部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；拟定事业性经费和行政性经费的财务管理制度；参与事业单位改革和收入分配制度改革方案的制定和实施；负责全市公务员、教师工资、津贴补贴财政统一发放工作；负责工资资金专户的管理；管理行政机关、事业单位和群众团体的出国（境）经费与非贸易外汇；拟定相关单位的财务管理办法，监督其财务运行和收支预算执行情况，审核其财务决算；负责相关单位的国有资产监管工作；参与行政、政法部门统一着装管理；负责社会事业项目财政资金投入的绩效评价。
（六）社会保障科
研究提出民政、卫生、人事与社会保障、食品药品监督、残联等有关部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；参与研究制定有关社会保障的财政政策和制度；编制本级社会保障预算草案；预测社会保障资金收支对财政的影响，提出相关政策建议；负责社会保障资金的筹集、分配和监督工作；拟定相关单位的财务管理办法，监督其财务运行和收支预算执行情况，审核其财务决算；负责社保资金项目的绩效评价。
（七）农村财务管理科
对全市支持社会主义新农村建设的相关政策进行研究，提出政策性建议；制定和组织实施镇（区、园）财政工作计划，指导、协调镇（区、园）财政建设和文明创建工作，负责镇（区、园）财政财务管理，参与镇财政体制建设，负责农业项目的绩效评价。
研究提出农口部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；参与农村综合改革和支农惠农政策落实；管理监督村级组织运转保障经费；负责财政支农专项资金管理，参与项目可行性研究论证、监督项目实施中资金的管理使用情况；负责农口部门和单位的财务管理工作；负责农口企业资产财务管理；贯彻实施国家农业综合开发的有关政策及资金财务管理制度；检查农业综合开发计划任务完成情况和资金使用情况；负责防洪保安资金、农业发展基金的筹集、使用和管理；负责农业发展基金和农业综合开发资金财务管理工作。
（八）会计科
管理全市会计工作；负责会计法律法规、制度、准则及各类会计核算办法的宣传、贯彻和执法检查工作；负责全市会计专业技术资格、会计人员从业资格、会计人员继续教育等会计管理；负责会计代理记账机构审批备案、监督管理等工作；组织全市会计电算化工作，指导和推广实施会计信息化标准；负责全市会计诚信建设。
（九）经济建设科
研究提出建设、规划、房管、国土、交通等部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；拟定财政支持基本建设专项资金管理办法；研究拟定财政投资的有关政策，拟定基本建设财务管理制度和建设工程概、预、决算审核办法，负责基础设施投资建设项目的可行性研究和效益分析，提出项目经费安排的建议，监督项目实施中资金的安排情况以及项目的决算管理；监管彩票市场及彩票发行机构财务；管理土地出让金及土地储备投资资金的财务；管理监督有关部门财务运行和收支预算执行情况，检查财务决算；负责综合性的财政统计；参与制定政府性投资项目财政评审相关管理制度；负责经济建设项目的绩效评价。负责市住房公积金运营监管工作；参与住房保障政策研究及政策性补贴的审核发放工作。
（十）国资企财科
参与研究支持企业改革、创新、发展的财政政策，并承担相关资金管理工作；参与研究产业政策和企业改革政策；负责各级财政扶持中小企业发展的各项专项资金的管理工作；负责节能减排资金管理工作；编制国有资产经营预决算草案；参与制定国有企业资产管理相关制度；组织实施企业财务制度，指导和监督内外资企业的财务管理；负责企业信息统计；参与全市国外贷款的磋商、谈判，办理外商投资企业财政登记、年检。会同有关部门做好市级国有资产经营公司的监管、审计、考核、奖惩等工作，负责国有资产收益收缴及绩效评价。
(十一)国有资产管理科
贯彻执行行政、事业和企业国有资产管理的法律、法规和市国有资产管理委员会制定的各项规章制度及作出的各项决议、决定。拟订行政事业单位国有资产管理的政策和规章制度；拟订行政事业单位国有资产管理办法和清查登记办法，组织开展行政事业单位国有资产监督管理工作；拟订行政事业单位国有资产配置、调配、使用、处置、收益管理等政策制度；拟订行政事业单位资产配置、更新、报废标准，建立和完善资产管理信息系统。负责市属企业国有资产日常产权登记、清产核资、产权界定和资产评估工作，调解处理国有资产产权纠纷；负责组织国有企业资产估和年审工作，对国有资产评估报告予以确认和备案；监督国有资产产权交易，制定企业产权变动所涉及的国有资产安全保障措施并监督实施；负责市级集体资产管理工作；承担市国有资产管理委员会交办的其他工作任务。
(十二) 投资评审管理科
负责政府投资项目的工程概预、结算和年度财务决算、竣工决算的审核，为部门预算的编制提供基础性和技术性服务；对政府投资项目资金使用和管理进行全过程跟踪审核，对招标文件、标底和前期征地，拆迁地费用等进行审核；参与政府投资项目初步设计评审、招投标及工程采购和财务核查等有关工作；负责对政府投资项目和财政专项项目的评估、审查咨询及评价工作，提供投资项目前期决策分析及项目建成后效益评价；负责财政部门委托投资项目的概算、预算、竣工决算的审查，并出具评审报告；反映财政性投资项目实施中存在的重大问题，提出加强财政性投资项目监督的政策建议，并对有关问题的处理处罚取证、核实和提出初步意见；承办上级交办的其它事务。
（十三） 法制科
负责全市财政法制宣传教育工作；提出地方税收政策、税收工作有关方面的建议；分析反馈税收政策的执行情况；推进预算编制、预算执行、绩效评价和财政监督四位一体的预算管理；承担机关规范性文件和行政处理、处罚决定文书的合法性审核工作；承担依法公开、行政复议、行政应诉工作；贯彻执行财政监督检查政策和制度，提出强化财政监督检查的建议和措施；监督检查财税法规政策、财务会计制度和财经纪律的执行情况，对存在的问题和违法违规行为依法进行处理；监督检查财政预算的编制与执行，各项财政收入的征管和财政资金的分配、使用、效益情况；受理对违反财税法规、政策、制度的举报案件。